时钟机关的Ley-line-残影之夜将明时-

学校所抱着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。
……你们并不会对此产生疑问的吗？他们究竟是从哪里来，究竟会回到哪里去？
夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替？

坐落在深山的全住宿制学校『天秤瑠璃学園』。
这个耸立着大型钟塔的地方，可并不是一间普通的学校——
主人公満琉在以转校生的身份来到这个学校以后，就背负起『特殊事案調査分室』，俗称为“特查”的职责。
他与特查的同伴憂緒等人一起，过着解决在这间不可思议的学校里所发生的各种麻烦事的每一天。

突然有一天，学校里出现了料想之外的来访者。
她是为了探寻祖母的纪念品，从非常遥远的异国来访的少女、アーデルハイト。
这位看来并非善男信女的客人，被推给了特查的众人应付。
「好啊。就来看看诸位的能力吧」
在アーデルハイト寻物的时光中，之前还一直理所当然视若无睹的时间全都开始活动了。
那就是——学校所抱着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。

他们究竟是从哪里来？究竟会回到哪里去？
而夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替？

为了新的谜题与秘密，主人公一行再次开始奔跑！