出云战记零

时值明治十二年（1879年），故事舞台设定在国际都市横浜。在这个文明迅速发展的时代，一个秘密组织悄然成立，旨在消灭和降伏从异世界闯入、肆虐人间的恶灵。这个组织由一位名叫桐谷五郎的男子领导，名为“警视厅特别班”，又称“内务省直属恶灵对策班”。

永峰和人因祖母的遗言来到横浜寻找某人；沢木宗一郎作为海军精英，因命令被调任至此；山田虎之助在武者修行之旅中来到东京；永峰陽子为了追寻幼时离别的兄长而来；上杉美園为寻找夫婿而来到东京；玉城萌夕则为了寻找素未谋面的父亲，从琉球远道而来。

这六名男女通过各自不同的道路加入了这个组织。他们在磨砺自身的同时，解决由恶灵引发的种种事件。渐渐地，敌人的真面目开始浮现。从幕末动乱开始的诸多因缘，与异世界的阴影交织在一起，故事如洪流般奔腾展开。