时钟机关的Ley-line-黄昏时刻的境界线-

在一所昼与夜完全分隔成两个世界的神秘学园里，三位性格格不入的三人组，为了解决魔法引发的各种事件而奔走。

松见启留（Michiru）是刚转入这所坐落于深山之中、拥有巨大钟楼的寄宿制学校的一年级新生。 然而就在入学第一天，他就被卷入一场突如其来的骚动，不小心打碎了一尊看起来价值不菲的雕像。

为了赔偿雕像，校长命令他和引发骚动的另一名男生一起到校内的“特务调查局”打工。

两人来到特务调查局总部——位于学校巨大地下图书馆深处的一间房间时，发现一名面无表情的少女早已等候在那里。

少女冷淡地向一脸茫然的两人说明了真相： 这所学校里存在着魔法。

每当钟楼响起钟声，“夜之领域”就会显现，并与校舍重合。 而特务调查局的职责，就是处理由此产生的超自然问题。

就这样，启留一边应付着被称为“Mists”的麻烦魔法道具，一边为了守护学校而四处奔走……